Parmi les hypothèses, les scientifiques suggèrent les pluies de météorites, la radioactivité, le sol toxique ou les remontées de gaz. Ces cercles sont surtout présents en Namibie, mais ils ont été aperçus dans plusieurs autres pays africains comme l’Angola et l’Afrique du Sud. Leurs dimensions vont de 2 à 12 mètres de diamètre avec une couronne de végétation, un peu plus haute que le reste de la prairie. Le comportement des cercles de fées dépend de la pluviométrie, car les cercles de fées suivent ce qui s’appelle un « isohyète », c’est une ligne le long de laquelle les précipitations sont égales.

Une équipe de chercheurs internationale a développé une nouvelle théorie pour expliquer le « mystère des cercles de fées », ces formes circulaires qui apparaissent subitement sur les plaines africaines seraient simplement dues à la rivalité aux ressources entre les plantes. La mythologie des Himba affirme quant à elle que ces cercles ont été créés par les Dieux. Une autre théorie scientifique affirme enfin que ces cercles sont créés par des toxines laissées par des plantes qui causent la destruction des graines, aucune expérience n’a toutefois réussi à valider cette théorie.

D’après une étude publiée en 2013, la présence de termites semble être l’une des explications les plus plausibles. Des termites modifient les écosystèmes désertiques de façon à créer des oasis où l’eau est suffisante pour assurer leur survie. Une dépression recueillerait l’eau qui resterait piégée sous la surface, au lieu de s’échapper grâce à l’évaporation des plantes. Ainsi, les termites pourraient vivre et supporter les conditions d’aridité du désert. La dépression serait alors entourée d’un anneau de plantes qui profiteraient de l’eau d’où le fait que la végétation soit plus haute autour du cercle.